Nupedia menggunakan perisian NupeCode yang dicipta secara usaha sama dan merupakan perisian sumber terbuka (dikeluarkan di bawah Lesen Awam Am GNU yang direka bentuk untuk projek-projek penilaian setara yang besar. Kod sumbernya boleh didapati di tempat simpan Sistem Versi-Versi Serentak (CVS) Nupedia.

Sebagai sebahagian projek itu, "NuNupedia" yang merupakan versi baru untuk perisian asli telah diperkembangkan. NuNupedia dilaksanakan untuk tujuan-tujuan ujian di SourceForge, tetapi ia tidak pernah mencapai tahap yang mencukupi untuk menggantikan perisian yang asli.

Salah satu daripada masalah-masalah yang dihadapi oleh Nupedia sewaktu kewujudannya adalah bahawa perisian ini tidak mempunyai kefungsian. Terdapatnya banyak kefungsian yang tidak sedia ada dan yang memerlukan penggunaan apa-apa sahaja yang ada, umpamanya penggunaan garis bawah untuk blok-blok teks yang kelihatan seolah-olah pautan, tetapi sebenarnya bukan pautan.